Исходя из состава Омепразола, натрий присутствует как в действующем веществе, так и во вспомогательных веществах. Термин "moiety" больше связан с действующим веществом.
Поэтому, можно перевести как "содержание натрия в действующем веществе".
Возможно, речь идет об общем содержании натрия в лекарственной форме. Но это кажется менее вероятным.
Вам виднее из контекста.

"Часть натрия" не говорят. В химии moiety переводится как "фрагмент", но тут у нас соль, и натрий присутствует в виде иона. Называть ион фрагментом как-то странно. А фраза "Assay which includes the sodium moiety", похоже, означает, что количественное определение проводилось для натриевой соли, т.е. для соединения, включающего ион натрия, а не протон.

если речь о натрии в составе молекулы